Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 3 Cianjur adalah lembaga pendidikan jenjang SLTA di bawah naungan Kementerian Agama. Awalnya, lembaga ini bernama Madrasah Aliyah Swasta (MAS) Al-Kholiliyah, cabang dari MAS Al-Kholiliyah Kecamatan Cidaun, Cianjur Selatan. Madrasah ini berdiri pada tahun 1988 atas perjuangan para founding father yang dimotori oleh Drs. H. Musjaddad (Guru MTsN Tanggeung sekarang MTsN 2 Cianjur). Dalam perkembangannya, madrasah ini menjadi madrasah Negeri yang diresmikan oleh Pemerintah pada tahun 1996 dengan nama Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Tanggeung berdasarkan Surat Keputusan Pendirian Nomor 515A Tahun 1995.
Pada tahun 2015 Kementerian Agama merilis keputusan perubahan nama madrasah negeri di seluruh Indonesia. Berdasarkan KMA No. 212 Tahun 2015, Madrasah Aliyah Negeri Tanggeung berubah nama menjadi MAN 3 Cianjur. Saat ini MAN 3 Cianjur menjadi salah satu sekolah pilihan peserta didik untuk menuntut ilmu di kawasan Cianjur Selatan.
Adapun Kepala Madrasah yang pernah menjabat sejak menjadi Madrasah Negeri adalah sebagai berikut:
1) Drs. H. Musjaddad (1996 – 2005)
2) Drs. H. Murdi Ma’at, M.M.Pd. (2005 – 2010)
3) Drs. H. I. Imamuddin, M.M.Pd. (2010)
4) Drs. H. Ma’mun Hidayat, M.M.Pd. (2010 – 2013)
5) Drs. H. Moch. Dede Kamaludin, M.M.Pd. (2013 – 2015)
6) Drs. Johan Yusilisman, M.M. (2016 – 2019)
7) Dra. Hj. Erma Sopiah (2019 – 2022)
8) H. Solihin, S.Pd., M.M.Pd. (2022 – 2024)
9) H. Dudu Abdullah, S.Ag., M.M.Pd. (2024 – Sekarang)